Die Geschichte der Stadt beginnt im Jahre 1234, in dem sie vom rügener Fürsten Wizlaw I. das Stadtrecht erhielt. Die Stadt wurde auf ehemals slawischen Boden gegründet und erhielt deshalb auch einen Namen, der dies widerspiegelt.
Aufgrund einer Vielzahl an westfälischen Siedlern und dem florierenden Ostseehandel wurde sie in den darauf folgenden 200 Jahren zur zweiterfolgreichsten Hansestadt nach Lübeck. In Stralsund wurde 1371 sogar die Verhandlungen zum Stralsunder Frieden mit dem Königreich Dänemark ausgehandelt, was den hohen Stellenwert der Stadt innerhalb der Hanse und dem ganzen Ostseeraum widerspiegelt.
Zur Zeit des 30 jährigen Krieges und den 200 Jahren danach gehörte Stralsund zu schwedisch Pommern, da Dänemark und Schweden durch Ihr Engagement für Stralsund dabei halfen, Wallensteins Truppen zu widerstehen. Deshalb gehört die Stadt auch erst seit dem 19. Jahrhundert zu Preußen.
Auch der zweite Weltkrieg ging nicht spurlos an Stralsund vorbei und da es über einen Hafen verfügt wurde es auch zum Ziel für alliierte Bomber, die tausende Wohnungen und viele Baudenkmäler dem Erdboden gleich machten. Dafür gelangte wenigstens die Rote Armee, ohne größere Verwüstungen anzurichten, in den Besitz der Stadt. Allerdings sorgten die darauf folgenden Jahre der sozialistischen Unwirtschaft für einen vergleichbaren Schaden, den wettzumachen Stralsund aber sehr gut in Angriff bewerkstelligt hat.